Dans sa partie québécoise, 5,7% du bassin versant du fleuve Saint-Jean sont occupés par des milieux humides.
Bien souvent perçus comme des lieux inutiles, voire nuisibles, les milieux humides ont été et sont encore aujourd’hui détruits ou dégradés au profit d’autres usages. On estime que plus de 70% des milieux humides ont été perdus à proximité des régions peuplées du Canada. Les principales causes de destruction ou dégradation des milieux humides sont le drainage, remblayage, perturbation lors de l’aménagement du territoire à des fins agricoles, forestières, de développement ou de construction de routes. Cette situation est d’autant plus inquiétante que le Canada compte près du quart des milieux humides restants dans le monde.
Pourtant, ils sont très utiles puisqu’ils fournissent de nombreux services écologiques dont toute la population bénéficie.
D’origine naturelle ou créés par les activités humaines, les milieux humides sont des zones saturées d’eau ou inondées suffisamment longtemps pendant l’année pour influencer la nature du sol et la composition de la végétation. Plusieurs d’entre eux prennent des airs de milieux aquatiques au printemps, mais s’assèchent presque complétement durant l’été. Cette caractéristique les rend donc souvent difficiles à distinguer à moins de bien les connaître. Les milieux humides peuvent autant être riverains à un lac ou à un cours d’eau, qu’être isolés et alimentés par des résurgences ou seulement par l’eau des précipitations. Les étangs, les marais, les marécages et les tourbières sont considérés comme des milieux humides au sens de la Loi sur la qualité de l’environnement.
Une tourbière qui est couverte à plus du quart de sa superficie par des arbres de 4 mètres et plus de hauteur se nomme une tourbière boisée. En effet, les tourbières peuvent supporter de vastes forêts.
En considérant les 4 types d’écosystèmes ci-dessus, la direction de la connaissance écologique (DCE) a diffusé une cartographie des milieux humides potentiels du Québec en 2019. Alors qu’en 2008 on évaluait à 10 673 ha la superficie occupée par les milieux humides dans le bassin versant du fleuve Saint-Jean, elle est passée en 2019 à 104 175 ha de milieux potentiels représentant à présent 14 % du territoire. Dorénavant, c’est 7 % des milieux humides qui se retrouvent dans la partie du bassin versant (BVFSJ) qui se trouve au Bas-Saint-Laurent, tandis que 8 % sont situés dans celle qui se trouve en Chaudière-Appalaches, associée aux ensembles physiographiques du haut et du bas plateau appalachien. Toutefois, une dichotomie s’observe au sein du pourcentage de recouvrement des régions. Ainsi, la la partie du BVFSJ située en Chaudière-Appalaches est occupée à 23 % par les milieux humides, alors qu’ils ne couvrent que 10 % du BVFSJ situé au Bas-Saint-Laurent.
Bien que les chiffres aient augmenté, le plus grand pourcentage de territoire occupé par les milieux humides est toujours celui du bassin versant de la rivière Saint-Jean-Sud-Ouest dont 40,47 % de ce sous-bassin est occupé par les milieux humides. Le sous-bassin versant possédant la plus grande superficie de milieux humides est maintenant celui de la rivière Daaquam (16 400 ha). En revanche, le sous-bassin versant de la rivière Perches et Creuse, est celui qui présente le plus faible pourcentage de milieux humides, soit seulement 4,93 %. Détrônant ainsi celui de la rivière Madawaska qui est passée de 1,3 % à 9,14 % avec la nouvelle cartographie[1].
Outre la superficie, on note que le type de milieux humides observés sur le territoire du bassin versant du fleuve Saint-Jean est grandement dominé par les marécages (53 %) et les tourbières (40 %). Conséquemment, on ne retrouve que très peu de marais (40ha) et d’étangs (6 527 ha). De même, 977ha de milieux humides ne sont toujours pas caractérisés et bénéficieraient d’une évaluation terrain afin d’identifier le type d’écosystème dont il est question.
Dans la partie du bassin versant située au Bas-Saint-Laurent, la signature d’ententes de conservation volontaire a débuté en 1995 et se poursuit encore aujourd’hui. La forêt modèle du Bas-Saint-Laurent a été à l’origine de ce projet, avant que le Groupement forestier de l’Est du lac Témiscouata et l’Agence de mise en valeur des forêts privées du Bas-Saint-Laurent prennent le relais. Depuis l’an 2000, ce programme a permis la signature d’ententes de conservation volontaire par 125 propriétaires forestiers et la protection de 1 226 ha de milieux humides. Ces mêmes acteurs ont participé à la sensibilisation de nombreux forestiers privés sur la richesse des milieux humides et sur les moyens de protection existants.
Dans la partie du bassin versant situé en Chaudière-Appalaches, le Conseil régional de l’environnement Chaudière-Appalaches (CRECA) a permis la signature d’ententes de conservation volontaire par 99 propriétaires forestiers entre 2001 et 2003. Ces ententes ont permis de protéger 700 ha de milieux humides. L’Agence de mise en valeur des forêts privées des Appalaches avec la collaboration de la Fondation de la faune du Québec et le club d’ornithologie du Québec, a entamé en 2013 un projet similaire auprès des propriétaires forestiers, ce qui a permis de protéger 184 ha de milieux humides de plus. Notons cependant que ces ententes reposent sur une volonté du propriétaire de protéger les milieux humides présents dans son lot forestier et découlent d’une sensibilisation efficace. Néanmoins, elles ne font l’objet d’aucun suivi, peuvent être rompues sur demande du propriétaire et n’ont plus d’effet dès lors que ce dernier vend sa propriété.